Nádraží Opava východ bylo postaveno v roce 1851 jako koncová stanice trati z Ostravy, která byla odbočkou hlavního tahu Severní Ferdinandovy dráhy z Vídně do Krakova. Trať samotná pak byla otevřena roku 1855. V roce 1872 byla dokončena trať do Krnova a v roce 1892 do Horního Benešova (německy Bennisch). Spojka mezi oběma opavskými nádražími Opava východ a Opava západ byla postavena v roce 1895. Železniční spojení Opava – Hradec nad Moravicí (německy Grätz) vzniklo roku 1905.
V letech 2004–2008 proběhla celková rekonstrukce budovy, při které byla obnovena původní výzdoba vestibulu.
Od 15. června 2015 začaly České dráhy vypravovat historicky první přímý vlakový spoj mezi Opavou a Prahou