Podstatnou část sbírkového fondu krnovského muzea tvoří historické sbírky a umělecko-historické sbírky. Nejvíce je zastoupena sbírka mincí, bankovek, medailí a řádů. Druhý největší fond tvoří archeologie, významný je rovněž fond textilnictví a národopisu. Sbírkové předměty pocházejí nejčastěji z Krnovska a Slezska, popřípadě území českých zemí a střední Evropy.